第4回 2019/7/5
- 講師:黒田 真也
- 教科書
- 参考書
生化学反応(高次反応)
※ 様々な反応系を数式に落とし込むために、色々な高次反応とそれに対応する微分方程式の立て方を、『岩波教科書 現代生物科学入門第8巻「システムバイオロジー」第4章 生命現象の動的特性 付録A~E pdfファイル』を通して学んだ。
A-1)高次反応とHill式
以下のように、n 個の分子が同時に別の分子に結合する n 次反応を考える。
nA+B\xrightleftharpoons[kb]kfAnB(A.1)
ただし、この時総和保存が成り立つと考え、簡単のためにここでは
[B]+[AnB]=1(A.2)
が成り立つものとする。この時、複合体 AnB の生成速度 d[AnB]dt は以下の微分方程式で与えられる。
d[AnB]dt=−kb[AnB]+kf[A]n[B](A.3)==−kb[AnB]+kf[A]n(1−[AnB])(A.5)
ここで、平衡状態では d[AnB]dt=0 が成り立つので、式 (A.5) にこれを代入し、K=kbkf として [AnB] について整理すると、
[AnB]=[A]nKd+[A]n(A.6)
が得られ、これをHill式と呼ぶ。
A-1)高次反応とAdalr式
Hill式では、n 個の分子が同時に結合するモデルを考えたが、Adalr式では以下のように、n 次反応が段階的に進むモデルを考える。
{S+P0\xrightleftharpoons[Kb1]Kf1P1K1=Kf1Kb1⋮⋮S+Pj−1\xrightleftharpoons[Kbj]KfjPjKj=KfjKbj⋮⋮S+Pn−1\xrightleftharpoons[Kbn]KfnPnKn=KfnKbn(A.7)
- Kj は、先ほど考えた K(解離定数)の逆数であることに注意
- S の総量は一定
- P に対する S の平均結合次数 r は以下で表される(0<r<n)
r=Pに結合したSの濃度全Pの濃度=1[P1]+2[P2]+⋯+n[Pn][P0]+[P1]+⋯+[Pn]
ここで、(A.7) のそれぞれの反応を微分方程式で表すと、
{d[P0]dt=−Kf1[S][P0]+Kb1[P1]⋮d[Pj−1]dt=−Kfj[S][Pj−1]+Kbj[Pj]+Kfj−1[S][Pj−2]−Kbj−1[Pj−1](A.9)
となるが、平衡状態では d[P0]dt,…,d[Pn−1]dt=0 なので、(A.9) を漸化式として解くと、
KfjKbj=[Pj][S][Pj−1]=Kj(A.10)[Pj]=Kj[S][Pj−1](A.11)
ゆえに、
j=1のとき[P1]=K1[S][P0]j=2のとき[P2]=K2[S][P1]=K2[S]K1[S][P0]=K1K2[S]2[P0]j=3のとき[P3]=K3[S][P2]=K3[S]K1K2[S]2[P0]=K1K2K3[S]3[P0]⋮⋮j=nのとき[Pn]=[S]n[P0]n∏i=1Ki(A.12)
したがって、(A.12) を (A.8) に代入して、
r=K1[S][P0]+2K1K2[S]2[P0]+⋯+nK1K2⋯Kn[S]n[P0][P0]+K1[S][P0]+K1K2[S]2[P0]+⋯+K1K2⋯Kn[S]n[P0]=K1[S]+2K1K2[S]2+⋯+nK1K2⋯Kn[S]n1+K1[S]+K1K2[S]2+⋯+K1K2⋯Kn[S]n(A.13)
が得られ、これをAdair式と呼ぶ。
ここで、S→∞ とすると、
r→nK1K2⋯KnK1K2⋯Kn=n(A.14)
※ 定性的には、r は P に存在している n 個の結合サイトのうち、S が結合している結合サイトの平均値のことを示している。 したがって、[S]→∞ とした式 (A.14) では、P の結合サイト全てに S が結合していることを意味する。
また、リガンドの S の P に対する結合飽和度は Ys=rn で得られ、[S]→∞ のとき、Ys=1